Le pays est composé de deux régions distinctes :
La Malaisie occidentale ou Malaisie péninsulaire (au sud de la Thaïlande) est divisée du Nord au Sud par une longue chaîne montagneuse dont le point culminant se situe à 2189 m (Mont Tahan) et où subsistent de vastes zones forestières. La côte Ouest est marécageuse et plate, la côte Est est, au contraire, composée de longues plages de sable. Les cultures et plantations sont d'abord situées le long des plaines côtières. Le Nord du pays (Perlis et Kedah) est considéré comme le grenier à riz du pays.
La Malaisie orientale est composée des territoires du Sarawak et du Sabah et située au Nord de l'Indonésie (Bornéo). Cette partie représente 15 % de la population sur 60 % du territoire. Elle est essentiellement composée de forêts tropicales humides et d'un relief assez élevé (mont Kinabalu, 4100 m).
Elle partage ses frontières avec le Brunei (381 km), l'Indonésie (1178 km) et la Thaïlande (506 km), et dispose de 4675 km de côtes.